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Alain Bompard reprend l'ASSE en 1997 alors qu'elle est au bord du gouffre, une fois de plus. Avec ses compères Gérard Soler et Robert Nouzaret, l'ASSE va retrouver la Division 1 en 1999.

La grosse épreuve de ses 6 ans passés à l'ASSE est bien entendu l'affaire des "faux-passeports" qui a éclaboussé le football français entre le 6 septembre 2000 et le 1er juillet 2001. Pour rappel, l'affaire a commencé avec un derby ASSE-Lyon avec la menace lyonnaise de porter réclamation si Alex était aligné durant cette rencontre. Alex, Aloisio et Maxym Levytsky ont "changé" de nationalité durant l'intersaison en récupérant finalement de faux-passeports portugais et grecs, les clubs français n'ayant droit à l'époque que 3 extra-communautaires.

Les Verts descendront en Ligue 2 à l'issue de cette saison 2000-2001.

Alain Bompard reste toutefois à la tête de l'ASSE jusqu'au 10 mai 2003 où lui succède Henri Grange. Il devient alors Président du Conseil de Surveillance de l'ASSE jusqu'en décembre 2004.

Après son passage à l'ASSE, il est devenu adjoint aux sports de la ville d'Avignon pendant de nombreuses années. Il reviendra même à Geoffroy-Guichard un soir de décembre 2010 : "A lâ??ASSE, jâ??ai vécu sept années de folie furieuse, mais ce fut usant et difficile. Sept ans à Saint-Ã?tienne, ça vaut 35 ans ailleurs. Ce nâ??est ni une ville, ni un club comme les autres. Câ??est une évidence de dire que câ??est le meilleur public de France. Mais il fallait passer la main, on avait fait notre temps" . Les Verts ont gagné la rencontre 2-0.